Babasının naaşı Büyük Ada'ya getirilip defnedilmiştir. Cevat Şakir, mahkeme sonucu 15 sene kürek cezasına çarptırılmıştır.
Temyiz Mahkemesi tarafından yazılan şöyleydi. 10 Mart 1918 tarih 394 sayılı ilam şöyledir.
" 29 Temmuz 1914 Mandıra Çiftliğinde Şakir Paşa'yı katlettiğinden dolayı, İstanbul Büyükada'da oturan 24 yaşındaki Musa Cevat Bin Şakir'in yapılan yargılama sonucunda, talep ettiği parayı vermemesinden dolayı 47. Madde gereği 15 sene müddetle kürek cezasına çarptırılmıştır. " denmektedir. 24 yaşında iken babasını, istediği parayı vermemesi üzerine öldürmüştür. Cevat Şakir, hapiste yedi yıl yatmış ve kemik veremine yakalanınca tahliye edilmiştir.
Tahliye olduktan sonra İstanbul'a gelen çeşitli gazete ve dergilerde yazılar yazmıştır. 1925 yılında Şeyh Sait İsyanı'nın yaşandığı hassas dönemde kendiliğinden teslim olmuş, dört asker kaçağının üzerine kaleme aldığı, 13 Nisan 1925 tarihli "Resimli Hafta" da Hüseyin Kenan takma adla yayınladığı " Hapishanede İdama Mahkum Olanlar Bile Bile Asılmaya Nasıl Giderler" başlıklı yazısı nedeniyle, İstiklal Mahkemesi'nde yargılanır, askeri isyana teşvik suçundan üç yıl kürek cezasına çarptırılmış ve cezasına çekmesi için de Bodrum kazası seçilir. Sürgün süresi üç yıldır. Halikarnas Balıkçısı, mahkemenin kararından düşüncelerini "Mavi Sürgün " de " Mahkeme Zekeriya'yı ve beni üç yıl süresince kalebentliğe mahkum etti.
Mehmet Zekeriya Sertel, Diyojen'in, Cevat Şakir, Heredot'un şehrine gidecektir. Cevat Şakir, Cebeci Hapishanesi'nde iki üç ay daha yattıktan sonra, Bodrum'a gitmek üzere, iki jandarma eşliğinde yola çıkarlar. Bir günde İzmir'e, oradan da haftada bir kalkan vapurla iki günde Bodrum'a varılabileceğini öğrenmişti. Ne yazık ki, evdeki hesap çarşıya uymamış Ankara'dan Bodrum'a varmak üç buçuk ay sürmüştür.
Halk onu benimseyememişti, benimsenmesi uzun yıllar almıştı. Cevat Şakir, Bodrum 'da yaklaşık 25 yıl kalmıştır. Bodrum'da hayatı yoksul balıkçılar, denizler ,adalar, koylar, balıklar, kuşlar, bitkiler arasında geçer. Sadi Borak Bodrum'daki çalışmalarını şöyle anlatır. "Bodrum'lular onunla yıllar yılı Bodrum'un her köşesinde, kahvesinde, meyhanesinde beraber yaşamışlar, onunla denizi, tarihi, edebiyatı, balıkçılığı ve dünyayı sevmiş, öğrenmişlerdi."
Yaşar Aksoy'un belirttiğine göre, British Museleum'un "Halikarnas Müzesi " bölümünü bu eserler süslemektedir. İngilizler müzenin bir bölümünün duvarlarını ve tavanını Bodrum mavisi ile boyamışlardır.
Cevat Şakir, Muğla'daki Atatürk Anıtının yapımında kullanılan pembe mermerleri Bodrum Kalesi"nin yakınlarında bulmuş, onları çıkarıp Gökova'ya yoluyla Muğla'ya gönderilmesini sağlar, Muğla Valisi Recai Güreli döneminde. Derlediğim Recai Güreli kitabında verildiği gibi.
Balıkçılık büyük zevki olup, Londra'dan balık tutma aletleri getirtmiştir. Yine Balıkçı, Vali Recai Güreli döneminde okaliptüs ağaçlarını Gökova Ağaçlı Yola dikilmesini Gökova Muhtarı Mehmet Gökovalı ile birlikte çalışırlar.
Cevat Şakir Kabaağaçlı, 1945'de bir defa daha mahkemelik olur. İçki sofrasında valiye hakaretten dolayı tutuklanır. Bir süre hapis yatar. Bodrum'dan ayrılarak İzmır'e yerleşir.
İzmır'de yaşadığı yıllarda da Bodrum'u ihmal etmez. Halikarnas Balıkçısı, 31 Temmuz 1965'te Brüksel'e oradan da konferanslar vermek üzere Paris'e geçer.
Halikarnas Balıkçısı, İzmir'de olduğu yıllarda bir çok gazete ve dergide yazıları çıkmıştır.
Balıkçı 13 Ekim 1973 günü İzmir'in Hatay semtindeki Merhaba apartmanında hayata veda eder. İzmir'de yaşadığı son günleri çok sıkıntılı geçmiştir. Yakın dostu Azra Erhat, son günlerini Bodrum'da geçireydi, daha iyi olurdu, demiştir. Halikarnas Balıkçısı'nın manevi oğlu Şadan Gökovalı' ya "Bodrum'a gömülmek istiyorum. Bodrum'a severim bilirsin, demiştir. Beni ziyaret için çocuklar ara sıra da olsa gezmiş, hava almış olurlar. Balıkçıya bir merhaba yakışır. "
Halikarnas Balıkçısı'nın Bodrum'da yaşaması, Bodrum'da yeni bir takım şeyleri etrafına öğretmesi, yeni çiçekler üretmesi ve yaygınlaştırması ile sadece yaşadığı döneme değil bu günlere de ışık tutmuştur.
Işıklar içinde olsun.